flutter packages pub run build_runner build を実行時に発生
flutterのルートディレクトリ直下で、ターミナルから下記コマンドを実行後に発生
auto_routerに新規画面を追加後、auto_router.gr.dartファイルを再作成しする際に、エラーが発生

--delete-conflicting-outputsをオプション追加する。
pubspec.yaml の generate: trueを削除
flutter clean
flutter pub get
flutter packages pub run build_runner build  --delete-conflicting-outputs

すでに作成済みのファイルがある場合、コンフリクト(競合)していると認識をしてくれるようです。
その場合、競合ファイルを削除して再作成するコマンドオプションとなります。